ci metteresti tanto di quel tempo che ti conviene migrare a j3.
comunque il sito è compromesso, quindi non c'è più codice di cui tu possa essere sicuro nello stesso. l'unica sarebbe rifare l'installazione da zero e trasferire il db, ma resterebbe sempre il problema di capire come sono entrati, ergo: migra a 3.x
ciao,
marco