ciao ilbaro,
se hai lavorato correttamente, cioè segnandoti i file modificati, potrebbe bastare mettere "da parte" i file modificati (appunto) sovrascrivere il nuovo template e infine ripristinare i file che precedentemente avevi messo da parte. Potrebbe bastare.
Meglio se fai prima una prova "in locale" o in una sottocartella del tuo "dominio" in modo da provare prima se la procedura detta qui sopra è valida o meno.
Inoltre potrebbe l'autore del Template aver messo a disposizione un "changelog" dove mostra solo i file cambiati e quindi potrebbe bastare sovrascrivere quelli.
Se il template è a pagamento meglio se ti rivolgi al produttore/autore per maggiori e/o migliori informazioni