La questione è che se questi strumenti ti dicono che il sito non ah problemi tu puoi affermare che il sito è validato per quel validatore ma non che è accessibile. Se non hai problemi con il validatore w3c vuol dire che hai scritto bene il codice per quel linguaggio ma non che il sito è accessibile. la validazione strict è infatti uno solo dei requisiti dell'accessibiiltà.
se la bussola della trasparenza (un altro validatore a caso) dice che il sito è ok, non vuol dire che sia accessibile ma che lo strumento non rivela problemi.
E' come dire "questo gelato non è avvelenato": questo non vuol necessariamente dire che quel gelato non sia stato fatto (scusa l'esempio abbastanza sconcio) con la cacca...
Comunque tu non vedere questi strumenti come un ostacolo da superare (evvai è validato, me ne vado a casa!) ma come strumenti che ti consentono di avvicinare sempre più il sito all'usabilità richiesta dalle leggi. Se i siti devono essere accessibili (attenzione, accessibili, non solo validati!) è per permettere a chi non ha gli strumenti adatti di fruire di tutti i servizi pubblici e non per dannare i webmaster
Ricorda comunque che i siti pa hanno tantissimi altri requisiti oltre all'accessibilità!
Per soddisfare al massimo i requisiti delle pa puoi usare joomlafap che è stato sviluppato da un utente di questo forum proprio per questo fine (sempre se non lo usi già!)