Allora prima di tutto migrazione a linux, poi sceglierei se rifare il sito cioè nuova installazione joomla fatta da me non con gli installer dell'host e quindi sicuramente metterei joomla 3.2.1 che ora è l'ultima della versione 3, però questo dipende da quanti contenuti hai se con qualche ora magari spalmata su un paio di giorni, o di piu se non hai fretta, riesci a ricopiarli allora non ci penserei due volte.
Seconda opzione se i contenuti sono troppi quelli su altervista allora un backup del sito e trasferimento sul nuovo host, e poi metterei in programma la migrazione a joomla 3.x, pianificata con calma tanto c'è tempo prima che joomla 2.5 non sia piu sviluppata
Tieni presente che joomla di altervista è leggermente modificata quindi è opportuno scaricare la versione uguale ed ufficiale e sovrascriverla via ftp a quella altervista, questo sovrascriverà solo i file di joomla e non componenti template moduli ecc... installati successivamente. una volta sovrascritto attivare il plugin update di joomla perche su altervista si aggiorna dal loro pannello di controllo
Edit. c'è anche una terza opzione che forse potrebbe essere la migliore sotto tutti i punti di vista, chiaramente sempre dopo aver ottenuto hosting linux. scarichi joomla da altervista installi in locale una lamp ad esempio xampp e fai la migrazione a joomla 3.2.1 e poi porti tutto sul server
