secondo me tu non hai proprio idea di che cosa sia un sistema unix like
derivo questa convinzione da ciò che scrivi e da come lo scrivi. per prima cosa dimentica il termine 'server virtuale': è la macchina, e dal punto di vista interno ha poca importanza se un server sia virtuale o meno.
i due siti sono 'virtual host'. detto termine ha origine con HTTP1.1 che introduceva la direttiva 'host' nell'header della richiesta http permettendo di avere più siti sullo stesso web server.
tornando a bomba: se i due siti si vedono allora le configurazioni dei virtual host sono corrette; non puoi indicare qui le proprietà del file system.
quindi, come detto nel mio primo post, guardati permessi ed
ownership del file system; vai in /htdocs e nelle varie root dei siti e dai un po' di 'ls -la'
ps:
1. comunque, verifica anche le path della cartella /tmp nella configurazione di joomla.
2. secondo te si capisce qualcosa da ciò che hai postato come configurazione?
ciao,
marco