joomla/wp/typo3 sono sistemi cms cui si può associare un sistema ecommerce.
magento/prestashop/opencart sono sistemi ecommerce puri.
io cosa sceglierei? non so che cosa tu debba fare, non pensi che risponderti con un nome sarebbe indice perlomeno di pressapochismo se non di assoluta incompetenza da parte mia?
posso dirti che farei: un'analisi approfondita e dettagliata delle esigenze di progetto e sulla base di queste specifiche studierei le caratteristiche dei sistemi per scegliere quello che meglio risponde alle necessità in questione. o almeno questo è quello che faccio quando mi commissionano un sistema ecommerce.
ciao,
marco