.nav-pills > .active > a, .nav-pills > .active > a:hover, .nav-pills > .active > a:focus [size=78%]{[/size]
background: #tuo_colore !important;
}
usando firebug per firefox puoi analizzare la zona dove intendi cambiare colore/dimensione/aspetto,
per le posizioni hover, active e focus utilizzerai la selezione nella voce "stile"
se poi, come nel caso di protostar lo stile è in linea (nelle opzioni del template viene gestito il colore e vale per tutti gli stati), aggiungerai nel file principale del template (template.css) l'istruzione come sopra con in aggiunta "!important"; questo farà si che prevalga sugli stili in linea e su altri stili in altri css (sempre che questi non abbiano a loro volta questo suffisso.