è come dice giusebos, joomla 3.x non ne fa più uso ma contiene comunque la libreria in modo che le estensioni che invece ne fanno uso possano continuare a funzionare.
Dalla 3.5 questa libreria sparirà dal core ma nel frattempo gli sviluppatori avranno avuto il tempo di convertire le proprie estensioni. Quindi estensioni che nella 2.5 fanno uso di mootools, nelle loro versioni per joomla 3 funzioneranno in altro modo. Se gli sviluppatori non hanno effettuato le modifiche si troveranno con estensioni non compatibili con joomla 3 o che richiedono l'inclusione di mootools in modo indipendente da parte dell'utilizzatore.
Su joomla 3.3 non saprei dirti se la libreria c'è o meno, ma lo scopriremo presto!