sempre in root: dimentica joomla, joomla è la destinazione e potrebbe essere qualunque altro file o un link esterno. E' il sito in root che gestisce le url e da li deve partire la redirezione. probabilmente stai usando un regola di riscrittura del tipo sito.it/pagina -> sito.it/index.php?option=pagina che trasforma anche il redirect verso joomla in una risorsa di quel tipo che, ovviamente non esiste. Se crei la risorsa index.php?option=joomla puoi inserirci dentro il redirect ma tutto dipende da come è gestita la root.
Per risolvere il tuo problema ti rimando alla documentazione sul file htaccess