temo che il provider abbia ragione, sta a te l'aggiornamento del software. è tuo dovere mantenere il sistema aggiornato e sicuro, e, per tanto, se altri clienti avessero subito danni a causa del tuo comportamento omissivo potresti anche essere chiamato a risponderne in sede civile.
come detto più volte se il sito è compromesso non c'è niente da fare, non sarai mai sicuro di aver rimosso tutti i cavalli di troia presenti.
l'unica è sfruttare l'occasione per un bell'aggiornamento.
ciao,
marco