ciao,
in realtà non è proprio come dite voi.
non devi modificare né la view dei prodotti (mi sa che hai sbagliato la path: c'è una s in più in products) né la query. comunque la query si trova in models/product.php metodo getProductListing().
la soluzione corretta è creare un plugin di tipo vmcustom, tipologia che nasce appunto per gestire i campi custom del prodotto, ed scrivere il codice per il trigger plgVmAddToSearch(). in questo modo gli upgrade non danno problemi e non cancellano niente.
ciao,
marco