scusami ma mi sà che t stai sbagliando tu, (a parte che ho un Mac), ma se ho due cartelle con lo stesso nome, prendo la nuova (ad esempio components) e nel mio sito in locale vado a metterla al posto della vecchia, succede semplicemente che sovrascrive alla vecchia, indipendemente da quello che ha dentro.
Il tuo discorso può valere se devo aggiornare il sito in remoto, mediante un programma di Ftp (per mac c'è l'ottimo transmit) che ha l'opzione di "refresh" ovvero aggiornare solamente file per file come intendi tu.