Per mia sicurezza personale, scrivo cosa ho capito, non perchè non siano chiare le vostre spiegazioni, ma per mie lacune.
"Nella root del sito" si intende nella root principale htdocs di xampp, quella che sto usando attualmente?
Farei così quindi:
cartella di joomla nella root htdocs
e cartella prestastop sempre nella root htdocs, ma non son sicuro che questo voglia dire installare prestashop in una directory.