Ciao.
Premesso che non ho capito bene perché tu voglia avere due siti sullo stesso dominio, il problema è facilmente risolvibile, purché i due siti siano indipendenti fra di loro.
Crea una pagina html a nome index.html nella root del server.
In questa pagina crei due links (grafici o testuali, come vuoi) che rinviano rispettivamente a SitoA/index.php e SitoB/index.php
Considera che, tenendo separati i due siti, raddoppi lo spazio necessario per Joomla!, che dovrai avere su ambedue o blocchi.
Ripeto, non ne capisco l'utilità, ma questo è un problema tuo.