Ciao ETheGame,
benvenuto nel forum
strano che da backend tu non veda i css. Spesso è il contrario, non si vedono tutti i .php ma i css sì. Poi dipenderà dal template.
In ogni caso puoi fare tutte le modifiche che vuoi direttamente via ftp. Scarichi la cartella del template sul PC, modifichi e ricarichi il file. Se il template ha un file custom.css o personal.css, scrivi lì le modifiche. Non verranno sovrascitte in caso di aggiornamento del template.
Non ci sono file HTML in Joomla, salvo quelli di sicurezza.
Usa Firebug per cercare e provare le modifiche al css.