intanto leggiti l'articolo citato se non non ci capiamo.
la configurazione del server può anche essere quella citata per motivi di sicurezza, ma certo è che ti devono fornire un'interfaccia per reimpostare i permessi, altrimenti il sistema diventa inusabile.
puoi montarti un'interfaccia di editing via php, ma la cura sarebbe decisamente peggio del male (è molto rischioso per la sicurezza).
se php ed ftp fossero nello stesso gruppo, basterebbe modificare la umask inserendo un g+w per risolvere tutti i problemi, mantenendo gli utenti separati; così come è, non appartenendo i file creati da php né a ftp né al suo gruppo, è ovvio che tu non ne possa modificare i permessi; è anche vero che uno scrip php potrebbe farlo...
io parlerei con il cliente ed esporrei le problematiche: se vuole mantenere il fornitore sappia che o interviene presso lo stesso per risolvere il problema, o dovrà aspettare giorni per ogni più piccola modifica.
ps: in maintainer è inerente al dominio non all'hosting.
ciao,
marco