Joomla è il cms cioè l'applicazione web di gestione contenuti, applicazione e sito sono un tutt'uno, quindi se parliamo di joomla o parliamo del sito sono la stessa cosa, quando ripristinerai il backup del tuo sito in locale avrai il sito funzionante e joomla sta già nel sito, non devi fare altro. Devi però avere oltre alle cartelle che componevano il sito anche il file sql che rappresenta il dump del database, in pratica la copia del db da ripristinare nel server mysql, senza questo file non fai nulla.