Molto probabile e corretta la considerazioen di sarav.
Molte volte, dato il numero considerevole di file che sono contenuti nei pacchetti sia mambo che joomla, che qualche file venga caricato in modo anomalo, soprattutto se si utilizzano client che velocizzano le procedure di caricsamento.
E' sempre buona norma quando si caricano i file di farlo a picco pacchetti e non tutte le cartelle in un colpo solo.
Se poi il problema si manifesta si deve ricaricare stando attenti che avvenga realmente la sovrascrittura dei file, in quanto a volte non avviene correnttamente anche se il client FTP non da nessun messaggio a riguardo.