Ciao Marco.
Credo che il problema sia semplicemente che non ci sono moduli pubblicati nelle
posizioni modulo del template.
Dopo una nuova installazione di joomla, se non si usa un template standard, i vari moduli (menu, slideshow, search, ecc.) vanno riposizionati nelle posizioni modulo del nuovo template.
Vai in Gestione Moduli e verifica quali moduli ti servono selezionando la posizione modulo in cui pubblicarli nel nuovo template.
Inoltre molti template che usano un framework hanno una gestione interna di alcuni moduli (in genere il menu al top della pagina) e del logo, quindi darei un'occhiata anche alle impostazioni del template.
Ciao