Ok, calma e sangue freddo
Se hai effettivamente trasferito i file del sito e hai esportato il DB con phpMyAdmin, ora possiedi il backup completo del tuo sito.
Il DB non lo devi aprire con alcun programma in locale, lo devi conservare come per altro la copia del sito fatta via FTP, nella non auspicabile evenienza qualcosa vada storto durante l’aggiornamento di Joomla.
Quindi procedi con l’aggiornamento del sito sul server secondo le istruzioni che stai seguendo ( su questo non sono in grado di aiutarti in quanto non ho mai fatto upgrade da 2.5 a 3 ), sicuramente dopo l’upgrade di Joomla dovrai sistemare componenti, moduli e plugin, anzi conviene che tu verifichi preventivamente la compatibilità con Joomla 3 di questi elementi e nel caso per alcuni non esista la versione per Joomla 3, dovrai sostituirli con simili ma compatibili.
Il backup ti servirà se durante gli aggiornamenti qualcosa andasse storto, in quel caso potrai sempre cancellare tutti i file del tuo sito dal server, trasferirvi quelli di backup ottenuti via FTP, cancellare tutti i record del DB tramite php MyAdmin ed importare il DB ottenuto dalla precedente esportazione.
A questo punto avrai nuovamente il sito on line perfettamente identico a quello che hai ora, prima dell’upgrade quindi.