Ok capito, ma non c'è un percorso per html, tutte le tue pagine sono generate da più file php.
Tu intendi come fare a trovare quale file modificare nell' ovverride, fai cosi per i componenti:
Vai nella voce di menu della pagina che stai visualizzando, e guarda la voce link, avrai un testo tipo questo:
index.php?option=com_content&view=category&layout=blog&id=2
In questo caso: il componente è "com_content" usa la view="category" e usa il layout "blog"
Ora vai nell'area "crea override" della 3.x, selezioni "com_content" e selezioni "category" ti si creera la cartella in html com_content/blog con dentro tutti i file (compreso il layout blog)
Per i moduli, invece, lo capisci dal nome: mod_login è il modulo del login, mod_menu dei menu ecc...