Non è chiarissimo cosa tu chieda: ma se il layout si distrugge può essere per due motivi:
1) il markup non è completo ad es. hai aperto un DIV senza chiuderlo o viceversa, cosa che tipicamente produce risultati devastanti;
2) non hai messo regole responsive, e quindi al rimpicciolirsi della pagina il browser cerca di far entrare tutto ma va in conflitto con qualche dimensione fissata in px invece che in percentuale e vedi tutto male.
Usa media queries nel css e manda i moduli laterali sotto al testo degli articoli sotto dimensioni di 800px, e dovresti risolvere.
Per quanto riguarda creare delle posizioni personalizzate, non devi cercare moduli ma plugin, cerca "extra position" sul jed.
