Credo che sia bene anche controllare che durante il backup / ripristino non sia stato creato - in cartelle diverse da quelle giuste - nessun .htaccess uguale a quello che c'è nella cartella che contiene i backups ad Akeeba. Vieta l' accesso a tutti tranne che all' operatore - php (tipo www-data).
Buon Lavoro.
Ciao