Ciao
Invece di chiederti chi ce l'ha messo, che anche se lo scopri non ti serve a nulla, chiediti tu cosa hai fatto per evitarlo, che politica di sicurezza hai adottato, hai tenuto il sito regolarmente aggiornato e ancora hai fatto regolari backup?
Adesso puoi risolvere appunto ripristinando un backup se l'hai, in caso contrario oltre che tentare un improbabile pulizia sarebbe il caso di rifare tutto daccapo.