Ciao claudioverga,
anche io mi ero posto lo stesso problema e questa è l'info più importante che avevo raccolto in rete:
Ai fini SEO è indifferente, valuta che i motori di ricerca a volte cambiano il modo di indicizzare le pagine e quindi questa dritta vale solo per questo momento.
Per il resto dipende da come preferisci tu.
Io preferisco usare un sottodominio, tipo shop.dominio.ext anche perchè installo in genere un altro cms per lo shop.
Ciao!