temo che difficilmente troverai una casistica, come ti ho detto il problema sembra molto causato da un hacker. per queste eventualità vi sono i post ad inizio sezione, ma non nego che in tali eventualità la parte del leone è fatta dalla esperienza acquisita e dalla competenza professionale.
capisco che tu, a questo punto, non voglia sentire che ai mesi di lavoro avresti dovuto aggiungere qualche ora per aggiornare una piattaforma uscita dal supporto a febbraio 2012, ma mi pare, e sarei felice di sbagliarmi, che il problema sia proprio questo.
a tutti consiglio di mantenere aggiornate le versioni del cms, sicuramente senza controllare giorno per giorno, ma sicuramente senza aspettare due anni e mezzo... ed in casi come questi procedere ad una copia del file system e del db prima di tentare qualsiasi operazione di ripristino.
per il resto verifica che il sito non sia usato per fare spam, per visualizzare pubblicità non tue, o per redirezionare gli utenti provenienti dai motori di ricerca su siti terzi.
quanto alla tua situazione, a parte un tentativo di ripristino in locale per permettere le procedure di aggiornamento a j2.5, non saprei che consigliare.
per il resto vediamo se qualcuno ha qualche consiglio illuminante.
ciao e buona fortuna,
marco