Ho fatto un pò di prove simili alla tua poichè ho un utente che ha vagonate di dati online su virtuemart. Ti porto la mia esperienza.
Installando l'ultima versione, quella compatibile con Joomla2.5 e 3, il processo va a buon fine.
Il problema però è nella migrazione da joomla 2.5 a 3 che, seppur concludendosi positivamente, non permette di fruire, lato utente, di viruemart: va in crisi per colpa - a quel che ho capito - di un sistema di conversione valuta non proprio pulito durante questa migrazione.
Lato admin invece funziona tutto, ma la posizione del menù amministrativo di virtuemart risulta malmessa: funziona ma occupa spazi di visualizzazione terribili.
Seguirò questo post con molta attenzione nella speranza si trovi una modalità pulita di passaggio da 2.5 a 3, se avrò esiti positivi con i miei test li posterò qui.