Molto interessante questo topic, volevo ringraziarvi e farvi i complimenti. Lo rileggerò con grande attenzione, dopo aver sbattuto il naso per ore contro il bootstrap.min.css che regolarmente andavo a sovrascrivere con il mio css personale.
Solo una considerazione: se da una parte mi sembra di capire che ci troviamo di fronte a soluzioni che non sono soluzioni, perché se si vuole mantenere la compatibilità bisogna fare salti mortali con il gioco della coperta troppo corta che come si tira da una parte scopre dall'altra, non posso non esprimere il mio disappunto per come funziona questa "cosa", che mi ricorda tanto il famoso UCAS (ufficio complicazione affari semplici) di antica memoria.
Per ora in test locale del joomla 3.3.6, prima di provare le soluzioni da voi proposte, mi sono limitato a cambiare il nome al css bootstrap.min, in modo che non venga caricato e non rompa le uova. Ok, di fronte alle vostre è la classica soluzione da lavandaia informatica...ma funziona! O no? Cosa ne pensate? ;-)