difficilmente si tratta di attacco: dovresti cercare il tuo sito su internet e vedere come sei linkato, può essere che il problema sia lì.
per vedere le pagine d'errore devi vedere i logs di apache alla ricerca degli errori 404, quanto al fatto che con il tempo spariscano da soli dipende se hai creato la pagina di errore nel modo giusto o meno (il 99% delle guide, che copiano quella di joomla sono sbagliate, ma non voglio riaprire una vecchia polemica).
ciao,
marco