Dalla versione di joomla 3.4 sono cambiati file htacces e robots, chi ha aggiornato da una versione precedente dovrebbe sostituire o aggiornare questi file.
Far leggere il contenuto in quelle cartelle ha il suo perchè, quindi dico di Si.
Ci potrebbero essere casi in cui non si voglia informare google di ciò che ho in quelle cartelle, allora in questo caso disallow