Si, ok, ma nella guida trovi scritto: "Rapporto errori: è consigliato prima di effettuare l'aggiornamento impostare in "Configurazione Globale" nella sezione "Server" il parametro "Rapporto errori" su "Massimo". Questo ci aiuterà ad individuare subito eventuali problemi a seguito dell'aggiornamento."
Quindi questo passaggio lo devi fare prima di lanciare la migrazione, e non dopo modificando manualmente il file

C'era anche scritto che prima di migrare devono essere disinstallate tutte le estensioni non più compatibili con Joomla 3, plugin compresi.
Hai fatto comunque benissimo a confermare come hai risolto.
Magari indica anche quali sono stati i plugin che hai dovuto spubblicare e che ti consiglio poi di disinstallare.