Ovvio, poichè hai cancellato i files ma nel database quel modulo è presente.
Hai commesso due errori:
1 - hai installato in joomla 3.x una estensione per joomla 2.5
2 - lo hai fatto senza fare prima un backup completo del sito, immagino. Altrimenti avresti già ripristinato la situazione precedente;
Il modulo installa anche un plugin che è rimasto attivo. Sempre via ftp cancella la cartella:
plugins/system/vvisit_counter
Poi se vorrai completare l'opera cancella anche le due righe via phpmyadmin nella tabella extensions del database.