La risposta è si modificando il template "protostar" ad ogni agg le tue mod andranno perse.
Fare un override di un template non credo sia possibile sicuramente puoi crearti un tuo template mutuando tutto da protostar e semplicemente cambiandoci nome.
Banalmente vai nella cartella template del tuo sito, scaricati tutto il folder di protostar, cambia il nome alla cartella, cambia il nome del template nel file xml, zippa la cartella e installa il tutto come su fosse un nuovo template e il gioco è fatto,
ciao!