difficile rispondere, ma sembra tanto un problema legato ad un itemid (variabile della query string) perso da qualche parte a causa del sef o della mancanza del medesimo. se manca questa variabile joomla non sa in che pagina si trova e quali moduli pubblicare.
verifica, tenendo d'occhio la barra degli indirizzi del browser, ove i moduli spariscono.
ciao,
marco