Scusate l'intrusione, ma sono molto interessato all'argomento.
Effettivamente dalla documentazione di google si trova scritto diverse volte di non impedire l'accesso ai files css e javascript, come se googlebot dovesse cercare ( questo lo immagino io perche' non trovo nulla di documentato in rete) delle info , per esempio @media per stabilire la natura di un sito.
Ad ogni modo questo non spiega, come dice claudiodex61, la differenza di valutazione tra i suoi vari siti.