Ho più o meno risolto: il problema era causato dall'attivazione dei SEF URL nelle impostazioni globali di Joomla e il carrello non direzionava correttamente le pagine causando il problema che ho descritto sopra.
Probabilmente la vera causa è una mal programmazione degli override di VirtueMart inseriti nel template che ho comprato, ed ho risolto andando nella configurazione di VirtueMart e disattivando da li il SEO.
Certo ora non ho un SEO perfetto per VirtueMart...ma preferisco così che un carrello non funzionante.