E' sicuramente come dici, ma non saprei come procedere per individuare la soluzione. Il problema si è presentato dopo la migrazione da 1.5 a 3 condotta con Redmigrator. Qualche problema nella migrazione in effetti l'ho riscontrato ma sempre risolto con l'aiuto dei commenti della rete. Ad esempio un problema riguardante gli URL l'ho risolto, o almeno sembra, ridefinendo in \administrator\index.php la variabile DS non più presente in joomla 3:
if(!defined('DS')) define('DS', 'DIRECTORY_SEPARATOR');
Purtroppo non è bastato. Ora la scarsa esperienza non mi permette di capire, nonostante diverse prove e test che ho eseguito, seguendo sempre alcuni consigli della rete, dove mettere le mani. A questo punto mi sono chiesto se il problema possa essere ascrivibile al server Linux sul quale è appoggiato il sito e come dici alle diverse configurazioni fra server locale e remoto. Ho pensato anche alla public $live_site = '' del file configuration.php ma senza ottenere alcun miglioramento. Il trasferimento fra remoto e locale lo effettuo con soddisfazione utilizzando Ackeba Backup; alla fine del trasferimento potrebbero perdersi alcune informazioni?