grazie maicolstaip per la tua risposta, il file è scrivibile, infatti la cosa strana e che le modifiche le prende e tutto funziona bene, poi qualsiasi cosa faccio, anche un semplice aggiornamento, mi riporta tutto alla situazione di default.
Tempo fa avevo avuto un problema simile con un altro template e alamo (qui la risposta
http://forum.joomla.it/index.php?topic=251318.new;topicseen#new) mi suggeriva di fare le modifiche nel file custom.css e di fatti il template da allora ha sempre funzionato correttamente.
Ora il problema si è ripetuto su un'altro template solo che qui non ho il file custom.css volevo capire cosa causa il ripristino del file template.css e nel caso, dove posso inserire le modifiche da fare al template.