Ciao IlRosso,
ho fatto una cosa simile ma lo sconsiglio vivamente.
Bisogna avere una buona infarinatura di entrambi i CMS e poi per fare un bel lavoro dovresti avere 2 templates uguali, uno per joomla e l'altro per prestashop ed un sacco di tempo e dindini da spendere.
L'idea comunque è giusta, non ci sono controindicazioni, basta seguire il buonsenso, tipo usare due db diversi, tenere aggiornati i CMS, etc etc
PS interessante l'estensione postata da lucantropo.
Ciao!