molto probabile che il tuo sito sia stato bucato....
Che versione di Joomla hai? Sei riuscito ad aggiornare velocemente dopo il rilascio dell'aggiornamento di sicurezza del 14 dicembre che ha coinvolto tutte le versioni di Joomla?
Controlla di avere aggiornate anche tutte le estensioni esterne installate.
Si, meglio se elimini tutto e riparti da un backup "sano" e poi procedi subito con l'aggiornare tutto e magari poi cambia tutte le password (FTP, database ecc...)