Ciao,
riparti da capo facendo attenzione a seguire "l'impronta" del sito 1.x
Quindi stessa struttura del sito vecchioi (categorie, articoli, etc etc)
In questo modo avrai:
un sito 3.x senza portarti dietro eventuali problemi di aggiornamenti e pasticci precedenti
Nessuna perdita di posizionamento perchè i links saranno uguali al sito precedente
Qualche lavoretto lo dovrai fare comunque, magari non riesci a replicare totalmente il vecchio sito e dovrai mettere mano a qualche redirect 301 sull'.htaccess, ma vedrai che il 90% del lavoro sarà già a posto.
Ciao!