Senza fare riferimenti commerciali, credo che il gestore a cui fai riferimento sia pure il mio e guardate cosa mi ha risposto oggi al ticket di assistenza:
per quanto riguarda l'upgrade del pacchetto joomla consigliamo di procedere usando la procedura manuale o semi-automatica indicati da joomla, di seguito un sunto dei passaggi da effettuare:
1) controllo compattibilità plugins/moduli/compomenti e themi, eventualmente disattivare i componenti non compatibili o aggiornarli
2) downloads del pacchetto upgrade dal sito joomla
3) scompattare in locale il pacchetto indicato nel punto 2 e successivamente effettuare l'uploads all'interno della cartella tmp di joomla
4) verificare che i file caricati abbiano permessi 755 (nel caso siano diversi, tramite client FTP settarli a 755 o usare il nostro tools)
5) lanciare l'update da joomla indicando come origine la cartella tmp
è consigliato comunque effettuare le dovute copia di backup sia lato FTP che Mysql prima di procedere con tali procedura.
Premetto che neanche un'installazione pulita e liscia di joomla 3.4.8 (senza installarci nessun componente/plugin/template) è andata bene con l'aggiornamento tramite il Joomla Update.