Ciao MaxP4,
ottima osservazione la tua, e ricordati inoltre che nell'aggiornamento manuale devi anche andare ad installare da gestione estensioni --> esplora
le estensioni nuove che sono state implementate.
Qui trovi l'elenco dei file e delle cartelle da cancellare a seconda da quale versione lanci l'aggiornamento
Joomla_3.5.0-Stable-Update_Package/administrator/components/com_admin/script.php
Comunque è sempre meglio procedere con l'aggiornamento automatico su server ben configurati che fare a pezzetti la procedura manuale.