Personalmente ho installato la versione 3.5.1 almeno 3 volte e non ho mai avuto questo problema,
in base a quello che hai scritto, cioè che il tuo lavoro fino ad ora è stato solamente quello di caricare i file di joomla nel server, io, ma ribadisco che è la mia opinione, cancellerei tutto e farei una installazione ex novo.