ok, con queste indicazioni riesco a replicare il problema.
Confermo che con l'aggiornamento manuale non appaiono più le lingue per l'installazione automatica.
...l'aggiornamento manuale e sempre più da sconsigliare
Però può certamente essere argomento anche questo per un nuovo issue sul traker, oramai ti sei lanciato ed io ti vengo dietro.
C'è già stato un intervento nella procedura del pacchetto di aggiornamento a seguito di una nostra segnalazione che riguardava il passaggio dalla 2.5 alla 3.6.0:
https://github.com/joomla/joomla-cms/pull/11282ma non saprei se questa correzione poi risolve eventualmente anche il problema delle lingue, non riesco più a scaricare quel pacchetto di aggiornamento da testare.