Dovrei aver risolto, facendo dei test in locale con la versione di akeeba 5.12 nonf aceva il backup e la procedura andava a buon fine.
Ho quindi cercato il plugin System: Backup on update e l'ho disattivato.
La procedura di aggiornamento automatica è andata a buon fine.
Sull'altro server dove devo fare quella manuale per forza, mi ha dato un errore ajax e si è criccato il sito, ma per fortuna ho il backup. e lo ripristinerò a breve