Quando entro nel back end per inserire le posizioni esse non ci sono.
Intendi dire che quando cerchi di assegnare una posizione del template ad un modulo, la posizione NON compare tra quelle disponibili nel menu a discesa "Posizione"?
Se così fosse devi dare un'occhiata al file templatedetails.xml e cercare la sezione dedicata alle posizioni del modulo, tipo questa:
<positions>
<position>xxx</position>
<position>yyy</position>
<position>ecc ecc</position>
</positions>
Se la posizione che cerchi e che sai esistere nel tuo template non compare nella lista, devi aggiungerla manualmente.