Condivido con voi la mia risoluzione del problema dopo ben 10 giorni di rompimento e mal di testa.
Nonostante il certificato SSL era ben caricato e rispettando tutti i settaggi avevo lo stesso problema molti link non venivano trasformati in https, finalmente ieri un qualche forum di joomla che non ricordo, la soluzione.
Spero di non violare nessun regolamento mettendo il link, bisogna scaricare questa plugin
https://www.simbunch.com/products/free-extensions/cloudflare-for-joomlacaricarla e VOILA' la trasformazione da http a https, voglio ricordare che alcuni link interni del core di joomla o di altre plugin o moduli bisogna farli a mano, esempio i link che puntano ad ADOBE........
P.S.
Preciso come ha detto alex che bisogna iscriversi gratuitamente a Cloudflare e cambiare i DNS facendo passare le chiamate tramite Cloudflare che ti fa anche da firewall, poi il certificato può essere rilasciato da chiunque.