Probabilmente ti sta consigliando di fare una scansione antivirus sul tuo pc, in locale, dei files presenti sul server (quindi dovresti scaricarti sul tuo pc i files dal server e su questi fare una scansione).
In questo modo potresti identificare delle backdoor, in genere php, messe sul tuo spazio web a tua insaputa, quando ti hanno bucato il sito.
In linea generale, però non è così semplice identificare cosa l'hacker ha modificato.
Ricorda che tutto è possibile, ma per me è altamente improbabile che l'infezione sia dovuta a un virus presente sul tuo pc.
L'infezione e l'attacco è molto probabilmente scaturito da una versione joomla vulnerabile, o dalle sue estensioni vulnerabili, o da password/nomi utenti craccati (ftp, cpanel, pagina di amministrazione), o ancora dall'accesso diretto al database, sempre che il database sia accessibile da host diversi da localhost (il tuo server).
Dimenticavo: controlla anche il tuo file .htaccess, che non sia stato modificato; il redirect per i bot potrebbe partire da lì
