Ciao,
se non ricordo male, protostar mette a disposizione l'utilizzo di un file .css personalizzato.
Credo lo si debba nominare "custom.css" e lo devi mettere nella cartella del template, css appunto.
Prova a scrivere tutte le dichiarazioni personalizzate in custom.css, se la cosa può esserti di aiuto.
Saluti